O cenário é bem específico e ocorre apenas na versão 5 do checkout (versão sem as funcionalidades de omnichannel). O comportamento acontece nos carrinhos em que o cliente escolhe fazer o pagamento com vale e 2 cartões. O valor a ser pago por um desses cartões é alterado logo depois de ser digitado pelo cliente.

1. Crie um carrinho e navegue até a etapa de pagamento.
2. Preencha/selecione o vale.
3. Selecione pagamento com 2 cartões.
4. Insira o valor a ser pago no primeiro cartão.
5. Veja que o valor foi alterado para um valor menor.

Atualmente, não temos workaround para esse problema.