O controle $product.InsertSku de template de prateleira, está renderizando as variações (SKUs) ordenadas pelo ID e não pela posição configurada no admin.

Para reproduzir esse comportamento:

1. Configure um produto com variação de SKU
2. Na tela de gestão de SKUs ordene os SKUs de forma que o SKU de ID mais baixo fique posicionado depois de um SKU de ID mais alto
3. Configure um template de prateleira com o controle $product.InsertSku
4. Use esse template de prateleira em alguma prateleira ou vitrine
5. Acesse essa prateleira ou vitrine, pela visão do cliente

Você observará que os SKUs estarão ordenados pelo ID e não pelo posicionamento definido.

A solução de contorno para esse comportamento é garantir que o ID dos SKUs sejam equivalentes ao seu posicionamento dentro do produto.

Ex.: Um produto possui os SKUs "P", "M" e "G". O SKU "P" precisa ter o menor ID, seguido do SKU "M" e, depois, pelo "G", com maior ID.