Para realizar a atualização da planilha de frete via importação de planilha, é necessário estar com os nomes das colunas corretos e no formato .xls. Caso o arquivo ultrapasse 10MB, é necessário compactá-lo no formato .zip. Para maiores detalhes, veja os documentos: Como montar a planilha de frete e Valores de Frete.
Se tentar importar a planilha com o formato .xlsx, o frete não será atualizado.
O ideal para atualização de frete é sempre exportar a planilha que está salva na plataforma, fazer as devidas alterações e importar de volta. Assim você garante que não ocorrerá nenhum erro, pois ela já estará no formato que é aceito. Para obter o modelo, clique no link Download da Planilha Modelo, que fica dentro de configurações da transportadora.
Como planilhas no formato .xls tem limite de 65.536 linhas, caso precise cadastrar linhas além desse limite, crie novas abas (sheets) que contenham o mesmo cabeçalho e preencha com as linhas restantes, pois toda vez que você importa um novo arquivo, este sobrepõe o último.